Convertida en el segundo centro de fé católica más importante de toda la República Mexicana, esta población centra sus actividades en torno a la Virgen de San Juan, la cual, atrae más de cinco millones de peregrinos al año.

Fundado en la primera mitad del siglo XVII, San Juan, con su clima templado y lluvioso durante el verano, es una ciudad agrícola, ganadera y avícola.

Sus industrias son los derivados de la leche, como quesos, jamoncillos y cremas. Comercialmente destacan la talabartería y los bordados.

Fue Fray Antonio de Segovia quien llevó la imagen de la Virgen, hecha de gabazo de caña en el año de 1623 y que ahora se venera en la Colegiata, atrayendo cada año a millares de peregrinos de todo el país.

Debido a su atractivo turístico religioso, la hotelería ha superado considerablemente a cualquier otro municipio de los Altos de Jalisco.

La Colegiata es la Catedral – Basílica donde se venera a la Virgen de San Juan de los Lagos. Su altar, construido originalmente para la iglesia de Santa María de los Angeles, en Roma, es una pieza de incalculable valor, lo mismo que las seis pinturas que se dice están firmadas por Rubens y que se conservan en el Camarín de la Virgen.

San Juan de los Lagos cuenta con numerosos edificios civiles y religiosos de gran valor histórico y arquitectónico: El Parián, el Palacio Municipal, el Antiguo Palacio del Colegio, los edificios de correos y de los Diezmos, el Mesón de la Virgen y los templos parroquiales del Pocito, la Tercera orden de San Francisco, el Clavario, etc.

Las Fiestas de la Primavera, que se celebran del 21 al 31 de mayo, pueden ser muy atractivas, pues además del aspecto religioso hay eventos culturales, sociales y deportivos y una gran exposición artesanal.

La Fiesta de la Asunción, celebración tradicional de la región, se celebra cada 15 de Agosto.